شُيّد في عهد الشيخ زايد بن خليفة الأوّل (الذي حكم بين 1855 و1909) وابنه الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان؛ وتعاقبت أجيال من عائلة آل نهيان الحاكمة، فكانت أصداؤها تتردّد في الممرات الطويلة لقصر المويجعي في العين. أسهم السور المربّع والأبراج الركنية البارزة والمدخل الكبير في إضفاء طابع مميز على المبنى في تلك الحقبة، ولا يزال تأثير ذلك قائماً حتى اليوم.
وفي نهاية المطاف، اتّخذ الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، مؤسس دولة الإمارات العربية المتحدة، القصر منزلاً ومقراً إدارياً له عندما أصبح ممثل الحاكم في منطقة العين عام 1946. بعد عامين، شهد قصر المويجعي ولادة ابنه الأكبر، صاحب السمو الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان، الرئيس الراحل لدولة الإمارات العربية المتحدة وحاكم أبوظبي، الذي قضى فيه معظم شبابه يتلقّى تعاليمه من والده.




