זהו המוזאון הוותיק ביותר באבו דאבי, שהוקם בשנת 1969 תחת הנהגתו של שייח' זאייד בן סולטאן אל נהיאן, מייסד איחוד האמירויות הערביות. הוא מוכר בתור חלק מהאתרים התרבותיים של אל עין ומצוין בתור אחד מאתרי המורשת העולמית של אונס"קו.
את המיקום של מוזאון אל עין, שנמצא במרחק של שעה וחצי בלבד מאבו דאבי, קל מאוד למצוא, שכן הוא קרוב למבצר אל ג'הילי ואל נווה המדבר אל עין.
המוזאון נבנה כדי להציג את ההיסטוריה של אל עין מעידן האבן ועד להקמת איחוד האמירויות הערביות בשנת 1971. המוזאון מציג ממצאים שנמצאו באתרי
...רחוב מטהף (Mathaf) ליד מבצר שייח' סולטאן בן זאייד (המבצר המזרחי)
המוזאון מציג כדים שיובאו ממסופוטמיה (עיראק של היום) שגילם המתוארך הוא 5,000 שנה, וחפצים אחרים כמו: תכשיטים, כלי נשק עשויי נחושת וברונזה, שנמצאו בקברים אלה. הקברים העל-קרקעיים האלה, שבנויים מאבן, הם מאפיין מרכזי של תקופת הברונזה.
מוצגות מספר מתנות שהתקבלו מנשיאים ושגרירים מכל העולם. הפריט המרכזי הוא סלע הירח שנאס"א העניקה במתנה אחרי הטיסה ההיסטורית של אפולו 17 לירח.
