המבצר נבנה בתקופת שייח' זאייד בין חליפה הראשון (ששלט בין השנים 1855-1909) ובנו, שייח' חליפה בין זאייד אל נהיאן; דורות של בני משפחת אל נהיאן השלטת חיו בין המסדרונות הארוכים של מבצר קאסר אל מואוואג'י באל עין. המבנה המרובע, עם המגדלים הפינתיים הבולטים והכניסה המרשימה שגרמו למבנה לבלוט באותם הימים, והשפעה זו נמשכת עד ימים אלה ממש.
הארמון שימש בהמשך כבית וכמרכז אדמיניסטרטיבי של שייח' זאייד בין סולטאן אל נהיאן המנוח, האב המייסד של איחוד האמירויות הערביות, כאשר הפך לנציג השליט במחוז אל עין בשנת 1946. בנו הבכור, הוד רוממותו שייח ח'ליפה בין זאייד אל נהיאן המנוח, שהיה נשיא איחוד האמירויות הערביות ושליט אבו דאבי, נולד בקאסר אל מואוואג'י שנתיים מאוחר יותר, וכאן בילה את רוב נעוריו תוך שהוא לומד מאביו.





