在扎哈里古堡的西南侧、靠近扎哈里绿洲处，有一座小型清真寺。古堡的内堡于19世纪末在谢赫·扎耶德·本·哈利法·阿勒纳哈扬（又称“扎耶德一世”）的主持下修建。

这座具有历史意义的扎哈里清真寺最初以土坯块和棕榈木梁建造而成，其历史很可能可追溯至19世纪90年代古堡奠基时期。在阿布扎比文化和旅游部（DCT）近期开展的保护修复项目中，建筑外表新加了一层泥灰抹面，而原有的历史材料与构造仍完整保存在这层抹面下面。这座清真寺为单室结构，东侧设有开放式拱廊，需从一处封闭式庭院进入。过去在夏季，庭院上方会加设覆盖物或遮棚，以提供更多阴凉。庭院内有一处低矮的阶梯式高台，过去用于宣礼；旁边还有一间小房间，最初很可能用作礼拜前净身的净仪空间。

2019年，阿布扎比文化和旅游部与伊斯兰事务与宗教基金总局合作，为清真寺配备伊玛目，使其得以在高台上以传统方式恢复宣礼。

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