Construit à l'époque du Cheikh Zayed bin Khalifa le Premier (r. 1855-1909) par son fils, le Cheikh Khalifa bin Zayed Al Nahyan, Qasr Al Muwaiji a vu grandir plusieurs générations de la famille dirigeante Al Nahyan. Le bâtiment est de forme relativement simple mais surprenante avec une enceinte carrée, des tours d'angle en saillie et une grande porte d'entrée.
Par après, le palais est devenu la résidence et la base administrative de feu le Cheikh Zayed bin Sultan Al Nahyan, Père fondateur des E.A.U, lorsqu'il est devenu le représentant du souverain dans la région d'Al Aïn en 1946. Son fils aîné, Son Altesse le Cheikh Khalifa bin Zayed Al Nahyan, ancien Président des E.A.U et Emir d’Abu Dhabi, est né à Qasr Al Muwaiji deux ans plus tard. Il y a passé une grande partie de sa jeunesse lorsqu’il se formait aux côtés de son père.





